Fonksiyonel tıp yaklaşımı ile alışılagelmiş tıp anlayışı arasındaki ilk fark muayenede görülür. Anamnez, yani hasta ve hastalığı ile ilgili bilgi alma, muayene, mevcut tetkiklerin incelenmesi, gerekli görülen ek tetkiklerin istenmesi ve reçete verilmesi basamakları her iki yaklaşımın da ortak basamaklarıdır. Temel fark, alışılagelmiş standart yaklaşımda tüm bu basamakların doktor ile hastanın birlikte olabildikleri kısıtlı süreye sığdırılmak zorunda olunmasıdır. Hastanın kliniğe gelmeden önce gerekli bilgilerini olabildiğince "ayrıntılı formlarla" bildirmiş olması, muayene için ayrılmış zamana sıkıştırılmaması fonksiyonel tıpın ilk başta fark edilen avantajıdır. Muayenenin "ayrıntı düzeyi" ikinci ana farktır. Yaşam tarzı ve beslenme alışkanlıklarının irdelenmesi ve reçetenin yanısıra bu konularda önerilerin de verilmesi fonksiyonel tıpın en belirgin üstünlüğüdür.